Ενώ ο εξαερισμός είναι ο απλούστερος τρόπος ψύξης και προστασίας του θερμοκηπίου, η τεχνητή ψύξη είναι απαραίτητη όταν οι θερμοκρασίες είναι πολύ υψηλές και ο φυσικός αερισμός είναι ανεπαρκής για την ανάπτυξη των καλλιεργειών.
Οι μέθοδοι ψύξης περιλαμβάνουν σκίαση, υδρόψυξη στέγης, ψύξη με εξάτμιση και εξαναγκασμένο αερισμό. Η σκίαση είναι αποτελεσματική για το Εμπορικό Θερμοκήπιο κρεμώντας τις κουρτίνες σκίασης 40 cm μακριά από την οροφή του θερμοκηπίου.
Μια άλλη μέθοδος περιλαμβάνει την ανάρτηση κουρτινών σκίασης σε εσωτερικούς χώρους, αλλά αυτό είναι λιγότερο αποτελεσματικό. Η υδρόψυξη στέγης απαιτεί συνεκτίμηση του κόστους εγκατάστασης και την αφαίρεση της συσσώρευσης αλάτων στις γυάλινες επιφάνειες.
Η ψύξη με εξάτμιση περιλαμβάνει την ψύξη του αέρα με εξάτμιση του νερού πριν την εισαγωγή του στο θερμοκήπιο.
Οι μέθοδοι ψύξης με εξάτμιση περιλαμβάνουν ψύξη με υγρή κουρτίνα-ανεμιστήρα, ψύξη με λεπτή ομίχλη και ψεκασμό οροφής.