ทั้งอุณหภูมิต่ำและความชื้นสูง และอุณหภูมิและความชื้นสูง ล้วนเป็นสาเหตุสำคัญของการเกิดโรคและการแพร่กระจายในเรือนกระจก ดังนั้นการควบคุมความชื้นในเรือนกระจกจึงเป็นส่วนสำคัญของเทคนิคการเพาะปลูกเรือนกระจก
การระบายอากาศเป็นวิธีการพื้นฐานในการลดความชื้นในเรือนกระจก
ต้องทำการระบายอากาศในช่วงที่มีอุณหภูมิสูง มิฉะนั้นจะทำให้อุณหภูมิเรือนกระจกลดลง เวลาระบายอากาศที่มีประสิทธิภาพที่สุดในตอนกลางวันคือเที่ยงวัน เนื่องจากความชื้นภายในและภายนอกเรือนกระจกมีมากขึ้นในเวลานี้ ทำให้ความชื้นระบายออกได้ง่ายขึ้น
ในบางครั้ง ควรขยายเวลาการช่วยหายใจให้มากที่สุดเท่าที่จะทำได้โดยยังคงรักษาอุณหภูมิที่ต้องการไว้ หากอุณหภูมิลดลงเร็วเกินไปในระหว่างการระบายอากาศ ควรปิดช่องระบายอากาศทันทีเพื่อป้องกันไม่ให้อุณหภูมิที่ลดลงอย่างกะทันหันส่งผลเสียต่อผัก
ใช้ฟิล์มพลาสติกคลุมดินเพื่อลดความชื้น การคลุมดินช่วยลดการระเหยของความชื้นที่พื้นผิวเข้าสู่เรือนกระจก ซึ่งเป็นมาตรการสำคัญในการลดความชื้นภายใน ใช้วิธีการพ่นฝุ่นหรือการรมยาเพื่อควบคุมความชื้น การใช้วิธีฝุ่นหรือการรมควันในการใช้ยาฆ่าแมลงจะหลีกเลี่ยงไม่ให้ความชื้นในอากาศเพิ่มขึ้นเนื่องจากการฉีดพ่น ซึ่งช่วยปรับปรุงผลการควบคุม
การปลูกพืชเพื่อลดความชื้น ด้วยการขัดขวางเส้นเลือดฝอยในดิน จะช่วยป้องกันไม่ให้น้ำจากเส้นเลือดฝอยขึ้นสู่ผิวน้ำ จึงป้องกันการระเหยของความชื้นในดินมากเกินไป การดูดซึมความชื้นตามธรรมชาติ
การวางชั้นฟาง ฟางข้าวสาลี หรือปูนขาวระหว่างแถว หรือโรยชั้นขี้เถ้าไม้สามารถดูดซับไอน้ำหรือหมอกได้ จึงช่วยลดความชื้นได้ เครื่องทำความร้อนและลดความชื้น เมื่ออุณหภูมิภายในเรือนกระจกต่ำ ความชื้นสัมพัทธ์จะลดลงได้โดยการเพิ่มอุณหภูมิ ขณะเดียวกันก็รักษาอุณหภูมิที่ต้องการของผักด้วย
การควบคุมการให้น้ำและความชื้นอย่างเหมาะสม การรดน้ำเป็นปัจจัยหลักที่ทำให้เกิดความชื้นภายในเรือนกระจกเพิ่มขึ้น ในฤดูหนาวและฤดูใบไม้ผลิ ให้เลือกวันที่มีแดดจัดเพื่อรดน้ำร่องหรือรดน้ำต้นไม้แต่ละต้นแยกกัน สำหรับโรงเรือนที่หุ้มด้วยฟิล์มพลาสติก สามารถใช้การชลประทานแบบหยดใต้ฟิล์มได้ ควบคุมปริมาณน้ำอย่างเคร่งครัด หลังจากรดน้ำแล้วให้ระบายอากาศอย่างเหมาะสมและคลายดินทันทีด้วยการพรวนดินเพื่อลดความชื้นในอากาศ